En 1500, une expédition portugaise menée par Pedro Álvares Cabral découvre le Brésil, sans imaginer l’étendue du territoire. Le navigateur Gaspar de Lemos apporte au Roi du Portugal la « Lettre de Pero Vaz de Caminha » relatant la « découverte », et effectue une nouvelle expédition de reconnaissance des côtes en compagnie du navigateur florentin Amerigo Vespucci. Le 1er janvier 1502, Gaspar de Lemos arrive à la Baie de Guanabara. Pensant être à l’embouchure d’un fleuve, il nomme l’endroit « le fleuve de janvier », Rio de Janeiro.
Le nom de Guanabara désigne « le sein de la mer » dans la langue des indigènes temiminós, qui occupent le territoire. Une maison de pierre est construite par les Portugais, ce qui aurait donné pour les futurs habitants de Rio de Janeiro le gentilé « carioca », venant de « kari’oka » en tupi, soit « la maison des Blancs ». Une autre version veut que le terme « carioca » ait pour origine un poisson nommé « cari » et qui se trouve en abondance au niveau de la plage actuelle de Flamengo. Quelques comptoirs sont établis, mais la présence des Portugais se limite d’abord à l’exploration du bois pau-brasil. Dans les années 1530, la culture de canne à sucre se développe dans la région du Pernambouc et s’appuie sur l’utilisation d’esclaves, d’abord de tribus indigènes rivales puis en provenance d’Afrique autour du golfe de Guinée. De son côté, le Roi de France, François Ier, rejette le Traité de Tordesillas qui partage les nouvelles terres entre l’Espagne et le Portugal, et envoie des expéditions au Brésil à la recherche des ressources minières.
En 1555, une flotte de 600 Français menée par Nicolas de Villegagnon arrive dans la Baie de Guanabara. Les Français établissent des liens avec les tamoios, expulsant les tribus ennemies temiminós. Sur l’île qui porte aujourd’hui le nom de Villegagnon, les troupes françaises érigent le Fort Coligny, du nom du noble Gaspard II de Coligny, qui met au point l’expédition. Le Fort Coligny est la première pierre du projet d’une « France antarctique », ayant pour but d’étendre le commerce avec l’Amérique. La colonie se développe avec l’arrivée de calvinistes persécutés en France, notamment Jean de Léry, qui publie en 1578 Histoire d’un voyage fait en la terre du Brésil. Les tensions entre catholiques et protestants sont également nombreuses au Brésil et Villegagnon rentre en France, laissant le commandement du Fort Coligny à son neveu.
Alerté de la menace française, le gouverneur-général portugais du Brésil, Mem de Sá, envoie son neveu Estácio de Sá, défendre le territoire. Avec le renfort de colons venus de São Vicente, première ville fondée par les Portugais en Amérique, de jésuites et d’archers temiminós, Estácio de Sá parvient à détruire le Fort Coligny le 15 mars 1560. Les Français se réfugient à l’intérieur des terres et maintiennent leurs liens avec les tamoios, visant une nouvelle occupation de la Baie de Guanabara. Manuel da Nóbrega, qui mène une mission d’évangélisation des indigènes, avertit le gouverneur-général de la persistance de la menace française. Estácio de Sá effectue son retour dans la région afin de maintenir la domination portugaise. Le 1er mars 1565, entre les monts de Cara de Cão et Pão de Açúcar, le célèbre Pain de Sucre, Estácio de Sá fonde la ville de São Sebastião de Rio de Janeiro.
Le nom de la ville rend hommage au Roi du Portugal, Sebastião, nommé ainsi car il naît le 20 janvier, jour de Saint-Sébastien. Ainsi, afin de célébrer la ville de Rio de Janeiro, c’est aujourd’hui le 20 janvier qui est férié et non le 1er mars. Une église São Sebastião est érigée et la ville est protégée par une palissade. Les combats avec les Français et tamoios restent féroces, jusqu’à la bataille décisive de Uruçumirim, au niveau des plages actuelles de Flamengo et Glória, en 1567, par coïncidence un 20 janvier. Estácio de Sá est touché à l’œil par une flèche empoisonnée et décède un mois plus tard, mais les Portugais, aidés par les temiminós et leur chef Arariboia, parviennent à chasser définitivement les Français de la Baie de Guanabara. Rio de Janeiro peut désormais prospérer autour du Morro do Castelo, zone dans le centre de la ville, qui disparaît lors de la réforme urbaine de 1922.






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